始まり（ゼロ）に至る物語、第四次聖杯戦争、終焉へ――

バーカーサーの正体、そして己に向けられる憎しみを知ったセイバーは絶望に打ちひしがれる。
戦意を喪失し、怨念に濡れた漆黒の剣を、ただ受け止めることしかできない。
一方、綺礼と切嗣はついに正面から対峙する。
たがいに一歩も譲らず、苛烈に生死を競いあう。

綺礼が上げた狼煙を合図に、覚悟を決めた者たちが続々と集まる。
ウェイバーと共に戦場に駆け付けたライダーの前には、アーチャーが立ちはだかる。
英雄王と征服王。王者の戦いの火ぶたが切られた。
時同じくして、セイバーもまた宿命の対決に挑むことになる。

未だ、アイリスフィールの消息がつかめず、憔悴しきった表情で冬木市を探し回るセイバー。しかし切嗣はセイバーに見向きもしない。
一方、戦う意義を得た綺礼は、切嗣を待ち受ける。
第四次聖杯戦争の最後の一日が幕を開けようとしている。
そんな気配を感じ取ったウェイバーもまた、決意を固める。

アイリスフィールを必ず連れ戻す、と舞弥と最期の約束を交わしたセイバー。
アイリスフィールを連れ去ったというライダーを追い、決死の表情でV-MAXを走らせる。
一方、切嗣はこの状況に疑問を抱き、別の角度からアイリを追う。
そこで、ある真相を知る。

佳境に近づく聖杯戦争。
その影響は、聖杯の守り手であるアイリスフィールの身体に影響を及ぼしつつあった。
アイリスフィールのもとを立ち去る切嗣は、かつて久宇舞弥と共に戦場に立っていた時の様な 非情な表情へと戻る。
一方、キャスターとの戦いで大幅に魔力を消費したライダーのため、ウェイバーはある場所へ向かう。

切嗣が選んだ『正義』は、まるで天秤のように代わりに大切なものを奪っていった。
島を出てナタリアのもとで「狩人」として生きていく事を決めた衛宮切嗣は、様々な戦いの中に身を投じることになる。
戦いの中で『正義』の残酷さに気が付きながらも、切嗣はまたナタリアと共に新たな戦いに向かう。

南国の小さな島に暮らす少年、ケリィ。
家に閉じ込って不思議な研究をしている父、そしてその助手であり大好きな女の子シャーレイ。シャーレイは少年に聞いた。
「ケリィはさ、どんな大人になりたいの？」

これは少年ケリィこと、衛宮切嗣の原点の物語である。

徐々に脱落者が増え、大きく進展する聖杯戦争。
頂点を極める緊張感は、残る者たちそれぞれの胸中を改めて見直させる。
そして、家族への遺言を残す者…。秘密裏に接触を謀る者…。
その中で、セイバーたちも、意外な人物からの申し出を受けることになる。
それぞれの思惑は、聖杯戦争を更に佳境へと推し進める。

キャスター討伐の褒賞として令呪を得ることに成功したケイネス。
これにより、再び聖杯戦争への復帰が叶う―そう思ったのもつかの間、何者かによってソラウを人質にとられた事を知り、激しくランサーを罵倒する。
主ケイネスに忠誠を誓い、騎士道を貫こうとすればするほど深まる溝にランサーは絶望する。

キャスターが召喚した悪しき海魔と戦う英霊たち。
その裏でもう一人、命を懸ける男がいた。間桐雁夜は遠坂葵や間桐桜の悲しみを生み出す原因になった「魔術」そのものに対する憎悪を遠坂時臣にぶつける。
目の前の敵と対峙し、己が信念を貫くとき、それぞれの戦いに見えるものは……。

キャスターが召喚した巨大な海魔。新たな魔力源を得る前に排除しなければ、聖杯戦争の破綻どころか、冬木の、世界の危機となってしまう。
ライダーの呼びかけによって、共闘することになったセイバー、ランサーら三人の英霊たち。しかし、無限再生を繰り返す不死の怪物を前に、セイバー達は苦戦を強いられる。

ライダーを連れて町に出たウェイバー。
書店に入った彼は、ライダーの一生が書かれた伝記を手に取り、
ライダーが東の果てをめざした理由を知る。
一方、徹底的に破壊された工房に戻っていたキャスターと龍之介。
龍之介との会話から新たな啓示を得たキャスターは、狂気に駆られるまま、
ある魔術を行使しようとしていた。

一人冬木市のホテルに潜みながら、各陣営の動向を追い続けていた切嗣。
中でも、自分を追っていると思しき綺礼の動機が分からず、切嗣は苛立ちを募らせる。
一方、アイリとセイバーは、市内の屋敷に拠点を移していた。
日本風の家屋を興味津々で見て回るアイリ。
セイバーは、そんなアイリの振る舞いの中にふとした違和感を覚える。

切嗣が留守の折、彼らの拠点にライダーが乗り込んできた。
正面から堂々とやってきたライダーに、警戒するセイバー。
だがライダーは、王と呼ばれる者同士、一献交えようと申し出る。
その場にアーチャーも現れ、王の名を冠する３人の英霊たちは酒を酌み交わしながら
己の王道を語る。

冬木市で起きた連続殺人事件の犯人はいまだ見つからず、
毎日のように子供がさらわれつづけていた。
そんな中、時臣の娘・凛は、連絡が取れなくなった友人・コトネを捜しに
ひとりで夜の街へ出かける。
商店街で子供を連れた不審な男を見つけた凛は、男の後をつけるが……。

切嗣たちの拠点で行われた攻防が収束を迎えた。
ランサーに救助されたケイネス。目覚めると寝台に寝かされていることに気づいた彼は、許嫁のソラウから、自分の置かれた絶望的状況と、とある提案を聞かされる。
一方、切嗣は、キャスター討伐を優先すべきというセイバーの進言を無視し、ケイネスを仕留めるべく、追撃を開始する。

アインツベルン城の各所で繰り広げられる攻防。
魔力を込めた水銀を操るケイネスに対し、銃火器で応戦する切嗣。
セイバーはランサーと共闘し、キャスターと彼に召喚された怪魔を殲滅すべく立ち向かう。 一方、舞弥と共に城から離れていたアイリは、新手の侵入者の気配を察知していた。

聖杯戦争は重大な危機に見舞われていた。
冬木教会に集まった使い魔たちを前にして璃正は、連続誘拐ならびに殺人事件の下手人である雨生龍之介とそのサーヴァントであるキャスターを討ち取るため、各々の戦闘を一時中断する旨を伝達する。
また、殲滅を果たした者には褒章として、過去の聖杯戦争で使い残された令呪が寄贈されるという。

冬木市山中、月明かりが照らす道路を疾走する車が一台。意気揚揚と運転するのはアイリスフィール。そして、その運転に少々ひきつっているセイバー。
そんなドライブ中の二人の前に、突如、怪しい人影が現れる。
彼は、ある理由からセイバーに臣下の礼をとろうとするが、セイバーは全く身に覚えが無かった……

対峙するセイバーとランサーの前に、姿を現したライダー。
突如として現れた介入者により、決闘を邪魔だてされたセイバーは憤りを感じていた。
そんなことはつゆ知らず、ライダーは闇に紛れ戦いを監視する者たちへ呼びかける。
彼らふたりの決闘に惹かれた英霊は、ライダーだけでは無かったのだ。

倉庫街でランサーと対峙したセイバー。
両者間の緊張が高まる中、闘いの火蓋が切って落とされる。
英霊同士の戦いを初めて目の当たりにするアイリスフィールは、
その壮絶さに圧倒される。
一方、両者の戦闘を見張りつつ敵マスターの動きを探る切嗣と舞弥だが…

遠坂邸に侵入したアサシンはアーチャーの猛攻の前に息絶えた。
その事実は、使い魔を通じて各魔術師たちにも知れ渡ることに。
また、英霊を失ったアサシンの魔術師・言峰綺礼は、
戦いから離脱するため、聖杯戦争の監督を務める聖堂教会に姿を現す。

アインツベルンの森の中で戯れる切嗣と娘のイリヤスフィール。
その微笑ましい様子を城から見つめていたセイバーは、
召喚された時から、一度も口をきこうとしない切嗣の人柄を理解できずにいた。
また、聖杯戦争の舞台となる冬木市では、7人目の英霊が召喚されようとしていた。

奇跡を叶える『聖杯』の力を追い求め、七人の魔術師が七人の英霊を召喚し、
最後の一人になるまで戦いを繰り広げる究極の決闘劇……聖杯戦争。
その聖杯戦争の開幕に先駆けて、各地で参加者たちが選定が始まった。
８年前。ドイツにあるアインツベルン家の居城で、ひとりの女子の産声があがった。
イリヤスフィールと名付けられた娘を抱く父親・衛宮切嗣もその一人であった。